Ngày 29 tháng 9 năm 2017, ông bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam thi hành kỉ luật Cảnh cáo, chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm trong công tác quản lý đất đai và trật tự đô thị ở thành phố Đà Nẵng (Quyết định số 629-QĐ/UBKTTW ngày 4 tháng 10).[10]

Ngày 21 tháng 11 năm 2017, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã ban hành Quyết định 1852/QĐ-TTg kỷ luật Cảnh cáo với ông Huỳnh Đức Thơ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân Tp Đà Nẵng do bị kỷ luật trong Đảng Cộng sản Việt Nam theo Quyết định số 629-QĐ/UBKTTW.[11][12]